En un mes, desde la derogación por el Tribunal Europeo de Derechos Humanos (TEDH) de Estrasburgo de la doctrina Parot, han sido excarcelados 41 terroristas: 36 miembros de ETA y 5 de los GRAPO. En ese tiempo, el Tribunal Supremo ha respaldado a los magistrados de la Audiencia Nacional, dando por finiquitada la doctrina que contemplaba la retroactividad del cumplimento de las penas y que el propio Supremo instauró hace siete años. La Sala de lo Penal acataba así la sentencia de Estrasburgo, aunque con tres votos discordantes, y otorgaba plena libertad a los tribunales sentenciadores para que dejaran en libertad a los etarras encarcelados.
De esa manera, el Alto Tribunal hacía suyos sin paliativos los argumentos del TEDH, al que vinculaba sus decisiones, y dejaba abiertas las puertas de las cárceles a cerca de 90 terroristas. Además, autorizaba en su aplicación el procedimiento de urgencia, obviando las protestas de las asociaciones de víctimas.   
Pero la decisión del Tribunal Supremo de aplicar de manera directa y urgente una sentencia del Tribunal Europeo de Derechos Humanos (TEDH) de Estrasburgo como ha sucedido con la doctrina Parot choca frontal y abiertamente con su propia y no tan lejana doctrina. En 2002, el Alto Tribunal se opuso a la ejecución de una sentencia del TEDH que daba la razón al coronel Juan Alberto Perote, exjefe de la Agrupación Operativa de Misiones Especiales (AOME) del CESID, por la vulneración de un juicio justo y la falta de imparcialidad de los integrantes del Tribunal Central Militar.
En aquel caso, la Sala de lo Militar del Tribunal Supremo, integrada por los magistrados José María Ruiz-Jarabo (presidente), Fernando Pérez Esteban (ponente), Javier Aparicio, José Antonio Jiménez-Alfaro y Ángel Calderón, dictó la siguiente sentencia: "El Convenio (de Roma) no obliga a dar efecto interno a las sentencias del TEDH ni a introducir reformas legales a ese fin porque no es el TEDH un órgano judicial supranacional, sino sólo de naturaleza internacional".
El Supremo daba por sentado que las sentencias del TEDH tenían "sólo naturaleza declarativa y carecían de efecto ejecutivo directo en el derecho español". Y abundaba en otro argumento de peso: "No existe esa posibilidad anulatoria de las sentencias firmes por los Órganos de la jurisdicción ordinaria". Al mismo tiempo, acordaba desestimar las "pretensiones de nulidad de la sentencia del Tribunal Central del 9 de julio de 1997" contra el militar español, que durante años había sido el número dos del general Alonso Manglano en los servicios de información del CESID.
El Tribunal Militar Central, con esa sentencia "injusta", había condenado al coronel Perote a una pena de siete años de prisión por revelación de secretos. Se daba la circunstancia de que el órgano sentenciador estaba compuesto, entre otros, por el general togado José Luis Rodríguez Villasante (presidente) y por el general auditor Diego Ramos Gancedo (vocal), que ya habían participado durante el proceso en otras decisiones judiciales desfavorables al encausado.
Por todo ello, en julio de 2002, los magistrados europeos de la Sección Cuarta del TEDH dieron la razón a Perote con el argumento de que "dos de los jueces de la sala sentenciadora, a saber el presidente y el ponente, formaban parte, asimismo, del mismo tribunal que confirmó en apelación el procesamiento". Además, esos dos jueces habían formado parte también del tribunal que "decidió la prórroga de la prisión provisional del demandante y del que desestimó el recurso de súplica contra esta resolución".
Según Estrasburgo, una situación así podía suscitar dudas sobre la imparcialidad de los jueces: "Su presidente como su juez-ponente había intervenido en numerosos actos de instrucción entre ellos, en particular, la inadmisión de la apelación contra el auto de procesamiento y las resoluciones que prorrogaban su prisión provisional firme", afirmaba el TEDH. El tribunal sentenciaba que los temores de Perote podían pasar "por objetivamente justificados" y se remitía a la sentencia española "Castillo Algar" sobre los tribunales contaminados.
Finalmente, el TEDH  resolvió el pleito con una sentencia inapelable: "Ha habido violación del artículo 6.1 del Convenio". ¿Y cuál era el contenido de dicho apartado del Convenio Europeo?: "Toda persona tiene derecho a que su causa sea oída equitativa, públicamente y dentro de un plazo razonable por un tribunal independiente e imparcial, establecido por la ley".
Sin embargo, la Sala de lo Militar del Tribunal Supremo se opuso a su aplicación alegando que las sentencias del TEDH sólo tenían "naturaleza declarativa" y carecían de "efecto ejecutivo", sin que temblaran entonces los cimientos del sistema legal español, un argumento que ahora se esgrime desde el propio Gobierno y la judicatura para 'explicar' la imposibilidad de no aplicar la sentencia de Estrasburgo. 
Pero un año después, la misma sentencia que daba la razón al coronel Perote y que había sido rechazada por el Tribunal Supremo fue incorporada en la redacción de la Ley Orgánica 9/2003, de 15 de julio, por la que se modificaba la Ley de Competencia y Organización de la Jurisdicción Militar. En la exposición de motivos se recogía la sentencia de Estrasburgo: "Así se apreció por el Tribunal Europeo de Derechos Humanos, precisamente en procedimientos ante la Jurisdicción Militar, en sentencia de fecha 28 de octubre de 1998 y 25 de julio de 2002".
La ley no aportaba más datos sobre esas dos sentencias, pero la segunda, la de 25 de julio de 2002, era la que daba la razón al exjefe de la AOME del CESID en contra del Tribunal Central Militar español y que el Supremo se había negado a ejecutar.